Tokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi Rektörlüğü'nün; Rektörlük bünyesinde Doğal Boyalar Uygulama ve Araştırma Merkezi kurulması konusundaki teklifi, 24.02.1997 1997 tarihli Yükseköğretim Yürütme Kurulu toplantısında incelenmiş ve 2547 sayılı Kanunun 2880 sayılı Kanunla değişik 7/d-2 maddesi uyarınca, uygun görülerek 01.05.1997 tarih ve 22976 sayılı resmi gazetede yayınlanarak kuruluşu tamamlanmıştır. Merkez binası DPT projesi ile kampus içerisinde 2 katlı bina olarak inşa edilmiştir. Merkez, 2 laboratuvar, 1 seminer salonu 1 herbaryum ünitesin ve açık sergi salonundan oluşmaktadır. Alt kat, Heykeltraş Atölyesi olarak Eğitim Fakültesi tarafından kullanılmaktadır. Merkez bünyesinde Enstitü bağlantılı, 25 Yüksek Lisans, 5 Doktora tezi yaptırılmıştır. Hakkari iline 2 Tübitak projesinde Danışmanlık yapılmıştır. Florası ve El sanatları geçmişiyle ün yapmış Tokat ilinde bu merkezin kurulması, başta Tokat yazmacılığı olmak üzere el dokuma ürünlerinin geliştirilmesinde önemli katkı sağlayacaktır. Merkezimiz, sadece Tokat ili için değil, tüm ülkemiz ,için kök boyacılık konusunda önemli bir danışma merkezi konumundadır. Kuruluşundan bugüne kadar geçen 27 yıllık süreçte pek çok sosyal ve bilimsel projelere katkı sunulmuştur.